治療前，眼鏡和金屬耳環需要摘掉。任何一種寬鬆的髮型或衣服都是合適的。在治療期間，患者會坐在帶有舒適頭枕的斜倚座椅上，保持放鬆和舒適的姿勢就可以了，由於治療期間TMS機器會發出咔噠聲，患者將會要求戴上耳塞保護聽力。

腦磁激治療對大部分患者具有良好的耐受性，治療期間可能出現的常見副作用包括刺激部位的頭皮不適和前額肌肉的輕微抽動，少部分患者治療後可能會出現輕微短暫頭痛；誘發癲癇發作是腦磁激治療期間可能出現的罕見副作用，大約三萬次治療可能會有一次，與服用抗抑鬱藥誘發癲癇的風險相若。在處方腦磁激治療前，醫生會對你是否適合接受治療做一個安全性評估，將誘發癲癇的風險可能性降到最低。 沒有證據顯示，腦磁激治療對認知有任何負面影響，所以每次治療結束後，對患者包括駕車在内的日常活動不會有任何限制。沒有報告顯示腦磁激治療有任何長期副作用。

腦磁激治療禁止用於頭部或治療線圈30 cm 內植入了導電、鐵磁或其他磁敏金屬的患者，譬如人工耳蝸、植入電極/刺激器、動脈瘤夾或線圈、支架、子彈碎片等，否者可能導致嚴重傷害或死亡。假牙通常不受限制。

雖然ECT和TMS都被認爲是治療抑鬱症的有效有段，但兩者之間有明顯的區別。 作用方式大不相同：ECT治療通過電極讓電流從頭皮表面傳導到大腦內部而誘發癲癇，而TMS治療使用磁性脈衝以非侵入性方式精準刺激腦部特定區域神經細胞，3萬次治療才可能會有一次誘發癲癇。 程序也大不相同：ECT 是一種通常在醫院進行的手術，患者需要在全身麻醉情況下接受ECT治療，患者通常需要住院，可能長達2-4星期內無法恢復正常的日常活動，譬如返工返學。相反，TMS治療可以在日間診所進行，患者在整個過程中保持清醒，並且可以在30-45 分鐘完成，治療結束后患者可以立即恢復日常活動，對患者日常生活干擾較少，TMS治療安排容易地融入患者的日常安排中。 副作用大不相同：ECT治療其中一個常見副作用是患者思維會短暫混亂，並且記不起實際治療時和最近發生的事情，而TMS治療不會。此外，TMS 不需要麻醉，從而避免了患者與全身麻醉相關的額外風險、並發症和副作用。 費用大不相同：由於ECT治療需要住院，而且需要動用手術室和包括精神科醫生、麻醉師、護士在内的醫療團隊，一個6星期12次標準療程的ECT治療費用大約會是一個6星期30次標準療程的TMS治療的2-3倍。

腦磁激治療為對藥物治療反應不佳，發現藥物副作用無法忍受或擔心藥物副作用的患者提供了一個安全有效副作用少的非藥物治療選擇。

FDA批准的標準腦磁激治療療程通常需時4-6星期，每星期治療5日，每日1次，每次治療大概需時30-45分鐘。最新臨床研究發現，通過改變每次治療的磁性脈衝頻率以及每日治療的次數，可以縮短療程時間至1-3星期，確實的時間表將根據你的需要由醫生為您評估後作安排。

雖然腦磁激治療是一個低風險醫療程序，但存在誘發癲癇的罕見風險，所以，患者如果想接受腦磁激治療，必須經主治醫生診斷處方，在醫生的監察下由接受過培訓的專業醫護人員（譬如醫生、護士或TMS 治療專家）實施治療。